השפעתם של ממיסים ידידותיים לסביבה על מבנה הפפטידים

השפעת הממסים על מסיסות הפפטידים
מסיסות הפפטידים מושפעת מהרכב חומצות האמינו שלהם. חומצות אמינו הידרופוביות כגון לאוצין (Leu), איזולאוצין (Ile) ו-וואלין (Val) הופכות את הפפטידים להידרופוביים, בעוד חומצות אמינו הידרופיליות כגון ליזין (Lys), היסטידין (His), ארגינין (Arg) הופכות את הפפטידים להידרופיליים. לכן, לפפטידים שונים יש מסיסות שונה בשל הבדלי הרכב שלהם.

השפעת הממסים על יציבות הפפטידים
תגובת דאמידציה
בתגובת הדאמידציה, ההידרוליזה של שאריות אספרגין (Asn) וגלוטמין (Gln) יוצרת חומצה אספרטית (Asp) וחומצה גלוטמית (Glu). תגובות אלו יכולות להשפיע על יציבות הפפטידים.

חִמצוּן
תמיסות פפטיד נוטות לחמצון, אשר עשוי לנבוע מזיהום פרוקסיד בתמיסה או מחמצון ספונטני של הפפטיד עצמו. חמצון לא רק משפיע על מבנה הפפטידים, אלא עלול גם להוביל לאובדן תפקודם.

הִידרוֹלִיזָה
קשרי פפטידים בפפטידים עוברים הידרוליזה ונשברים בקלות, במיוחד אלה שנוצרו על ידי Asp.

טעות ביצירת קשר דיסולפיד
החלפה בין קשרי דיסולפידים או בין קשרי דיסולפידים לקבוצות תיול עלולים לגרום ליצירת קשרים דיסולפידיים שגויים, מה שיוביל לשינויים במבנה השלישוני ואובדן פעילות.

תגובה גזעמית
מלבד גליצין (Gly), אטומי פחמן אלפא של כל שיירי חומצות האמינו הם כיראליים ונוטים לתגובות גזע תחת קטליזה אלקלית. ביניהם, שאריות חומצה אספרטית (Asp) נוטות ביותר לתגובות גזע.

- חיסול
- חיסול מתייחס לחיסול קבוצות פונקציונליות על אטום הפחמן בשאריות חומצות אמינו. סביר יותר שתגובה זו תתרחש ב-pH אלקליין, וגם לטמפרטורה וליוני מתכת יש השפעה עליה.

ממיסים פפטידים בממיסים ידידותיים לסביבה
בעת המסת פפטידים, ניתן להשתמש בכמות קטנה של N-methylpyrrolidon (DMF) או dimethyl sulfoxide (DMSO) כדי לסייע בהמסה. שני הממיסים הללו יכולים לקדם פירוק על ידי שיבוש המבנה המשני של פפטידים. עם זאת, יש לציין שממיסים אלו עלולים להפריע לפעילות הביולוגית של פפטידים ולעבודות מחקר שלאחר מכן, ולכן יש לנקוט משנה זהירות בעת השימוש בהם.

מַסְקָנָה
לסיכום, ממיסים ידידותיים לסביבה כגון DMF ו-DMSO יכולים לסייע בהמסת פפטידים על ידי שיבוש המבנה המשני שלהם, אך לשימוש בהם עשויה להיות השפעה על המבנה והפעילות הביולוגית של פפטידים. לכן, בעת בחירה ושימוש בממסים ידידותיים לסביבה, יש צורך לשקול את השפעתם על מבנה ומסיסות הפפטידים כדי להבטיח את היציבות והפעילות הביולוגית של הפפטידים.