תפקידן של קבוצות הגנה הוא לבודד קבוצות פונקציונליות ספציפיות במהלך תהליך הסינתזה, להגן עליהן מפני הפרעות, ורק להסיר את קבוצות ההגנה לאחר השלמת תגובות ספציפיות לשיקום הפעילות של מולקולת המטרה. תהליך הסרת קבוצות ההגנה דורש בדרך כלל תנאים מתונים כדי למנוע פגיעה במולקולת המטרה. לדוגמה, השיטה להסרת ROH מאלכוהולים מוגנים היא בדרך כלל לייצר אתרים (ROR ') או אסטרים (ROCOR'), ולאחר מכן הידרוליזה או חומצה שלהם בתנאים מתאימים.
לסיכום, תפקידן של קבוצות הגנה בסינתזת PNA הוא מכריע, שכן הוא מבטיח סינתזה יעילה של מולקולות מורכבות, נמנע מתגובות שאינן מטרה, וניתן להסירם באופן סלקטיבי בעת הצורך כדי להשיג מוצרי PNA מטוהרים.