תהליך שירות הפפטידים המותאם כולל בעיקר את השלבים הבאים:
קבע את רצף הסינתזה: הלקוח צריך קודם כל לקבוע את רצף הפפטידים הנדרש, כמות הסינתזה ודרישות הטוהר. נותן השירות יספק הצעת מחיר מפורטת תוך 24 שעות
חתום על חוזה ועל הסכם סודיות: לאחר ששני הצדדים מאשרים את תוכן השירות, חתמו על חוזה רשמי. בהתאם לצורך, ניתן גם לחתום על הסכם סודיות לשמירה על זכויות הקניין הרוחני של הלקוח
מקדמה: הלקוח משלם את המקדמה לפי תנאי ההתקשרות, לרוב כחלק מדמי השירות הטכני
סינתזה וניטור: נותן השירות מתחיל בעבודת סינתזה פפטידים לפי דרישות ההזמנה, במהלכה הלקוח יכול לעקוב אחר התקדמות הפרויקט בכל עת
בדיקת איכות: הפפטידים המסונתזים עוברים תהליכי בקרת איכות קפדניים, לרבות בדיקות HPLC ו-MS, על מנת להבטיח את טוהר ואיכותם
משלוח ודיווח: מוצרים מוסמכים ייארזו מיידית ויישלחו ללקוחות, בליווי דוחות מלאים של נתוני בקרת איכות
התהליך לעיל מדגים את התהליך הכללי של שירותי פפטידים מותאמים אישית מתקשורת דרישות ועד לאספקת המוצר הסופי. לספקים שונים עשויים להיות הבדלים מסוימים בפרטים, אך השלבים הכוללים זהים בעצם.