שימור ייבוש בהקפאה
ייבוש בהקפאה היא שיטה יעילה לשימור פפטידים. הפיכת פפטידים לאבקה מיובשת בהקפאה ואחסנם בדרגה -20 יכולה לשמור על יציבותם למשך מספר שנים, תוך הימנעות מפירוק חיידקים, היווצרות מבנה משני, חמצון או שינויים אחרים. בנוסף, ניתן לאחסן פפטידים מיובשים בהקפאה למשך מספר שנים ב--10 מעלות ומטה ללא פירוק.
פירוק ממס אספטי
בהמסת פפטידים, מומלץ להשתמש במים סטריליים או במים מזוקקים ולהמיס אותם בתנאים חומציים חלשים, מה שיכול להפחית את פירוק הפפטידים על ידי מיקרואורגניזמים, חיידקים ופרוטאזות. לפפטידים המכילים שאריות כגון Met, Cys, Trp וכו', בשל רגישותם לחמצון, מומלץ להמיסם בממיסים אנאירוביים ולהשיג מים אנאירוביים על ידי הזרקת גזים אינרטיים (כגון חנקן, הליום, ארגון) תחת מופחת לַחַץ.
אריזה ושימור
כדי להפחית את הנזק הנגרם על ידי מחזורי הקפאה-הפשרה חוזרים לפפטידים, מומלץ לארוז מראש דגימות פפטידים בבקבוקים קטנים נפרדים כדי להימנע ממחזורי הקפאה-הפשרה מרובים.
הימנע מסביבות לחות
פפטידים המכילים Asp, Glu, Lys, Arg או His נוטים לספוג לחות מהאוויר ולהיות דליקות, לכן יש לאחסן את הפפטידים הללו במיכל אטום ויבש.
התאמת PH
לפפטידים יש יציבות טובה בתנאים חומציים, ומומלץ שטווח ה-pH של הממס יהיה 3-6. עדיף לארוז ולהקפיא את הפפטידים המומסים כדי להימנע ממחזורי הקפאה-הפשרה חוזרים.
אמצעי זהירות אחרים
עבור פפטידים המכילים Gln או Asn, חיי המדף שלהם קצרים יחסית בגלל הפירוק הקל שלהם.
אם הפפטיד הוא הידרופובי מאוד בשל נוכחותן של שרשראות צד ארומטיות כגון Val, Leu, Met, Phe, Tyr, Ala, או שהוא פפטיד ניטרלי, השימוש בחומרים דנטורטיים של הממברנה כגון DMF או DMSO יכול לסייע בהמסת הפפטיד .
לסיכום, על מנת לשמור על יציבות הפפטידים במידת האפשר, מומלץ להשתמש בשיטת אחסון ייבוש בהקפאה ובממיסים סטריליים במהלך ההמסה. יש לשים לב להתאמת ערך ה-pH ואחסון האריזה, תוך הימנעות מסביבות לחות ומחזורי הקפאה-הפשרה חוזרים.